經過多年發展，高新區在促進科技資本融合助推雙創企業發展過程中取得了矚目成績，但在推進科技資本融合過程中也存在一定困難及障礙。
第一，稅收制度影響創投基金對實體產業的支持。2014年，為落實稅收法定制度與加強稅收監督，國家取消了地方自定對私募基金優惠政策，但并未出臺統一的稅收優惠政策，一定程度上降低了對投資者的吸引力。此外，對創投企業實行70%抵扣稅的政策，之前在國家發改委對創投企業進行備案后即可落實。基金行業由中國證監會接管后，基金管理公司和基金由基金業協會進行備案，但暫無對創投企業的專門認定，造成該政策階段性難以落地。由于創投基金稅負較高，打擊了投資者的熱情，雖然可以采用有限合伙形式防止二次征稅，但在實際運作中這一形式有時會制約基金運營與存續，進而影響對實體產業的支持力度。
第二，“新三板”制度設計不夠完善，影響掛牌企業的后續發展。“新三板”市場門檻較低、擴容較快，掛牌企業數量雖快速增長，但質量參差不齊、流動性不足等問題日益凸顯，影響了市場定價、融資、交易等基本功能的發揮。同時，“新三板”分層后，由于制度供給未能及時跟進，優質企業利益訴求得不到滿足，即使進入創新層，也難以在再融資和股權交易方面得到實質性支持。
第三，區域性股權交易市場未能充分發揮融資功能。作為多層次資本市場的重要組成部分，區域性股權交易市場在實際運行中，支持其發展的扶持政策、業務模式尚不成熟，市場法律地位還未明確。前期國務院清理整頓，將未出現明顯風險的區域性股權市場一并進行了力度較大的規范，短期削弱了市場對企業和投資者的吸引力。此外，高新區企業希望按此前模式在區域性股權市場發行私募債，在清理整頓后也難以實施，使中小企業獲得債券支持的概率降低。加之市場交易信息較少、流動性較差，亟須融資的企業在市場上不能及時獲得資金需求，因此難以吸引到優質企業進入。