順豐與菜鳥之間的糾葛暫告一段落，但后續影響并未消減。6月5日，商務部電子商務和信息化司向多省市部門發函，要求組織相關機構調查“豐巢事件”給生鮮農產品帶來的影響。
根據商務部指示，要求江蘇、浙江、山東、廣東、廣西省商務主管部門，迅速組織相關協會、合作社、生產基地、生產大戶等，了解當地時令生鮮農產品，例如櫻桃、荔枝、枇杷等，受菜鳥網絡與順豐速運糾紛的影響情況，并從品種、銷量、價格、銷售額以及農戶反映等方面形成分析報告，反饋至電子商務和信息化司。
順豐與菜鳥之間的“互懟”在短短幾日不斷升溫。6月1日凌晨，菜鳥網絡宣布順豐關閉對菜鳥的數據接入。順豐則表示菜鳥先動手封殺了順豐，這是一場“有針對性的封殺行動”，稱菜鳥希望順豐從騰訊云轉投阿里云。在6月3日凌晨，國家郵政局出手干預“豐巢事件”，菜鳥與順豐之間的緊張關系才逐漸緩和。雖然雙方在表面上的關系趨于緩和，但數據之爭并未結束。
從目前來看，物流在一定程度上影響著產品的質量和價格，順豐與菜鳥之間的爭執對農產品產生了影響。今年5月初，母親節和“5·20”期間的鮮花價格居高不下，主要受“一帶一路”影響，通過快遞公司空運的鮮花多數被滯留在機場，因此鮮花價格才會不斷上漲且導致鮮花質量嚴重受損。