然而，天有不測風云，大家所熟知的三聚氰胺事件爆發。
2008年9月，三鹿奶粉含有嚴重超標的三聚氰胺真相大白于天下之后，該企業和管理層遭到法辦。
此后，22家乳制品企業的嬰幼兒奶粉中檢出含有三聚氰胺，其中包括蒙牛3個批次的產品。
也許是樹大招風，此事件狠狠擊中了蒙牛和牛根生。大眾心中的商業偶像迅速被拉下神壇。這導致由企業家向職業慈善家轉型的關鍵一步也不得不推遲。
2009年，在經歷了三聚氰胺的打擊之后，中糧入主蒙牛，獲得控股權。
牛根生辭去內蒙古蒙牛董事長，僅僅保留非執行董事一職。
牛根生喜歡引用一句源自《世說新語》上的名言：“小勝憑智，大勝靠德。”他也常說：“財聚人散，財散人聚。”他篤信此言，身體力行。他曾在一篇博客中寫道，幼時，父母遭批斗，他在學校受牽連也時常遭人打罵，但把母親給他的零花錢分給了小伙伴，時間一長，大家都聽他的話，讓大家干啥就干啥，不僅自己不再挨打，有時他還能指揮打別人。牛根生認為這是他奉行財散人聚的源頭。
"全球捐股第一人"牛根生
牛根生的妻子申淑香在接受《中國慈善家》采訪時回憶，牛根生在伊利任職副總裁時，最多的一年年薪達到了75萬元，不過最后拿回家的只有10萬，其他大部分都分給了部下。
在籌劃蒙牛上市后，捐出他們自己的股份時，牛根生并沒有直接告訴申淑香，而是試探性地說，這個錢不能往自己家里拿，得拿出來干點事。牛根生給出的理由是：一是對孩子的成長有利，二是對家族的安全有利。盡管經過了一段時間的思想灌輸，但在蒙牛上市之后，牛根生宣布捐出所有股份，仍讓申淑香十分不解。她原本認為牛根生只會捐出一部分股份，留有一部分用于孩子上學和家庭使用。“這個人真是神經病。我們是1981年結的婚，也是從窮日子里慢慢奮斗過來的。剛剛有了錢，還沒到手，就都要捐出去。別人都說他瘋了。”申淑香忿忿不平地說。
為了讓妻子想得通，牛根生不斷向申淑香分析，捐了有什么好處，不捐有什么壞處，尤其對孩子，如果不捐，孩子靠父母不自己奮斗，對孩子成長不利。盡管不理解，但基于結婚20多年來對牛根生性格的了解，申淑香還是同意了。2004年10月16日，申淑香，以及他們的兒子牛奔、女兒牛燕(后改名為牛瓊)，各自簽署了一份《授權聲明》，其內容大意是：同意牛根生對其蒙牛股份及紅利所做出的占有、使用、收益和處分的安排；同意牛根生簽訂的捐贈協議，并完全認可捐贈協議的內容。