自2012年9月份成立以來，新三板市場經歷了快速成長的過程。到2016年年底，新三板掛牌公司數量過萬家，總市值超過4萬億元。數量與規模迅猛增長的背后也要清醒看到，新三板市場流動性不足問題一直未得到根本性改善。
2016年新三板市場出現交投清淡、成交萎縮、指數下行的情況；2017年流動性較2016年不升反降，一季度，新三板計劃發行股票融資438.11億元，同比下降62.86%，環比下降85.58%。一季度完成股票發行融資288.78億元，同比下降21.59%，環比下降43.95%。數據表明，流動性不足已成為影響新三板市場持續健康發展的最大阻礙。
解決流動性不足問題，迫切需要建立新三板大宗交易制度。大宗交易雙方可以在場外匹配、協商，使得大宗交易需求者容易找到對手方迅速成交，可降低交易的時間成本；買賣雙方能夠在市場允許的幅度內，選擇溢價、折價或平價成交，從而降低大額訂單分割交易對市場的影響。大宗交易制度可以降低即時行情分析、搜索選擇交易對象而產生的交易成本，也減少了由于延遲錯過最佳交易時間而產生的損失。大宗交易平臺為大宗股權的轉讓提供了安全、便捷、專有的交易平臺，提高了證券市場的流動性和穩定性，避免股價大幅波動，是二級市場交易的重要補充。
深圳證券交易所和上海證券交易所分別于2002年和2003年推出了大宗交易制度。新三板市場缺乏大宗交易制度，不能有效滿足機構投資者履行“對賭”協議和員工激勵方案，以及引入戰略投資者等特定需求。在目前做市商做市資金相對不足的情況下，掛牌企業股東大宗股票通過做市商轉讓給投資者的交易通道尚未有效建立，二級市場無法承受退出期限到達時股東減持大宗股權的沖擊。
新三板大宗交易制度勢在必行，但政策安排要從以下幾個方面考慮。
首先，大宗交易市場準入多元化。鼓勵公募基金、社保基金、保險資金等長期持股的機構投資者進入大宗交易平臺。市場實施分層制度后，掛牌企業的投資風險差異化，鑒于大宗交易的隱蔽性，創新層企業的股票被優先選入大宗交易具有合理性。其次，對交易標的接手方在證券二級市場的出售數量和相應的出售時間進行適當的約束限制，以防止資金通過短期交易投機逐利，避免沖擊二級市場價格。第三，交易方式和價格差別化。新三板大宗交易是解決流動性不足的重要機制，大宗交易的時間不宜設計過短，創新層掛牌企業預計將先實施未來可能引入的集合競價制度，未來這部分企業的股票存在先于基礎層企業由盤后交易過渡為盤中交易的可能性。同時，鑒于新三板市場定價機制尚未有效建立，對大宗交易價格的限制可適當放開。第四，信息披露差別化。市場分層較高的掛牌企業股票大宗交易對市場影響較大，可考慮實施相對嚴格的要求；對于基礎層的企業股票，盡管投資風險較大，但交易機會少且市場影響力低，可考慮實施延期和隱形等寬松的信息披露要求。第五，加強行政與自律監管的有機結合，對內幕交易、操縱市場等違規違法行為堅決打擊，維護廣大散戶投資者的利益，促進市場健康穩定發展。第六，鼓勵做市商積極參與大宗交易，及時了解和滿足機構投資者的投資需求和掛牌企業的并購需求。第七，降低交易費用和市場信息不對稱，提高新三板大宗交易制度的宣傳力度和使用率。
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