目前新三板掛牌公司股權抵押率整體處于較低水平，但機構人士提示，不能忽視股權抵押具體操作中的風險。雖然迎來了分層利好，但新三板整體仍未走出低迷態勢，加上實體經濟疲軟，由股權質押所引發的風險可能逐步顯現。
今年3月，掛牌公司楓盛陽發生股權質押爆倉事件，此后公司股價大跌約90%，控股股東財產遭凍結。
5月，掛牌公司哥侖步董事長魏慶華在股權質押后辭職并失聯。公司主辦券商國泰君安指出，目前哥侖步董事會、監事會已低于法定人數，公司無法與實際控制人、控股股東、法定代表人魏慶華取得聯系，公司部分銀行賬戶被凍結，稅控機已被停用，公司公章、財務專用章及合同專用章被公安機關接收保管。如果哥侖步在6月30日前無法披露2015年年度報告，公司股票存在被終止掛牌的風險。
券商人士表示，這些風險事件使市場參與者對新三板掛牌公司的股權質押更加謹慎。目前來看，雖然新三板股權質押筆數攀升，但質押方融得的資金通常不多。由于流動性掣肘和中小企業自身發展存在較大風險，新三板股權質押率一般為2-3折，一些資質不大好的“僵尸股”質押率甚至低于10%，大大低于A股主板上市公司股票的質押率。
銀行人士表示，雖然股權質押通常能保證控股權不會旁落，但不排除風險發生時出現極端情況。例如，如果股權質押后股價大幅下跌至平倉線，相關方強行平倉，可能使質押比例較高的大股東失去對于企業的控制權。
機構人士認為，目前新三板股權質押爆倉的風險不是很大。一方面，大股東質押的股票大多是限售股，即使到了預警線、平倉線，市場參與主體也有一定的應對時間，可以想辦法救急；另一方面，股權質押的融資方與質權人通常同處一地，彼此較熟悉，一般會準備好相關應急方案，不會突然強行平倉。
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