在新三板市場2016年度非標審計意見中，帶強調事項段的無保留意見占比最高，達到85.43%。A股市場亦然，75份帶強調事項段的無保留意見占A股當年非標審計意見比重為71.42%。但值得注意的是，在被審計機構強調的具體事項方面，A股和新三板同中有異。
在新三板市場129份帶強調事項無保留意見中，審計機構強調最多的是持續經營能力，占比達79.84%。其次是當年發生的非經常性特殊事項，影響經營風險，短期經營能力，涉及訴訟，應收賬款，關聯交易等相關事項，該部分事項合計占比達20.16%。
值得關注的是，虧損，連續虧損，甚至連續多年虧損，是導致103份審計報告強調 報告期內存在導致可持續經營能力存在重大不確定性的事項的最主要原因(雖然掛牌公司在年報中披露了擬采取的改善措施).例如，掛牌公司泰信電子(430576.OC)審計機構在其2016年度審計報告中強調，泰信電子2016年度虧損500.92萬元，且連續四年虧損。同樣，羅伯特(832137.OC)被審計機構強調近五年持續虧損。
在多數因虧損被出具帶強調事項無保留意見的掛牌公司審計報告中，審計機構同時提示報表使用者注意經營性現金流為負，流動負債大于流動資產等問題。ST中通(835426.OC)在被強調虧損的同時，被其審計機構提示2016年末經營活動現金流為-479.44萬元，資金周轉困難等。潔利康(835310.OC)在被強調虧損的同時，被強調2016年末流動資產小于流動負債5165.11萬元，存在逾期貸款(2017年2月予以償還)等。
另外，逸家潔(836594.OC)被強調公司自成立(2012年4月)后持續虧損，2016年凈虧損9451.29萬元等。藍擎股份(833569.OC)，在被強調當年虧損的同時，被提示當年凈利潤主要來源于政府補助。
此外，報告期內出現影響公司的非經常性特殊事項也是審計機構強調事項之一，共涉及10份審計報告，占比達7.75%。科瑞達(832189.OC)就因購房預付款的回收風險被審計機構出具帶強調事項段無保留審計意見。
截至財務報表批準日，科瑞達已支付河北一家房地產開發公司購房款1050.00萬元。但這家房地產開發公司已破產重整，科瑞達對其進行的債權申報尚在審核認定中。雖然科瑞達對該部分預付款計提了210萬元的資產減值準備，但仍因該事項被出具帶強調事項無保留意見審計報告。
而畫店文化(833188.OC)被強調的原因是，2016年末存貨中油畫的金額755.17萬元，遠大于當期油畫的銷售金額(3.8萬元)，審計機構因此認為該公司未來對油畫的銷售存在重大不確定性。曼克斯(831854.OC)因2016年末賬齡1年以上的應收賬款占比73.76%，催收貨款效果具有不確性被審計機構強調。
此外，博世德(833191.OC)因對外借款回收具有不確定性被出具帶強調事項無保留意見。中準會計師事務所在審計報告中披露，博世德在已知對方公司陷入經營困境后，仍于2016年度同意向該公司借出周轉金212.33萬元。