作為多層次資本市場的重要組成部分，新三板與滬深股市存在較大差異，但是受制于共同的宏觀基本面，它們的走勢大體一致。如2015年上半年都曾有過大漲，下半年又出現過明顯的下跌，其后則出現了結構分化的行情。
不過，這種狀況自去年年底以來發生了變化。滬深主板從那時起開始逐漸上漲，創業板盡管晚了一點，但在8月份也探底回升，且反彈的速度還很快。新三板則不同，股價行情疲弱，無論是綜合指數、創新層指數，還是做市商指數，都出現下跌。即便上證綜指突破3300點，整個證券市場情緒全面好轉，新三板依然不見起色。一度很受關注的做市商指數，由于引入券商雙向報價，一直被認為能夠體現掛牌公司的公允價值，可也是一路下跌，最近已經下探到1000點附近，差不多回到了起點。在中國證券市場上，股指運行幾年后又回到起點，這種事情并不多見。因此不得不說，就整個證券市場的發展而言，現在的新三板在掉隊。
為什么會掉隊？簡單分析一下，有三方面的原因。
首先，新三掛牌公司的業績不盡人意。前幾年，新三板掛牌公司的利潤增長率，都要高于主板，也高于創業板。但是去年以來，這種增速大幅度放緩，已經低于主板與創業板了。這里有復雜的原因，包括新三板擴容過快，掛牌公司質量參差不齊，不少中小微企業掛牌后遇到發展瓶頸，業績難以提升。也有的在掛牌前過度釋放利潤，此后就缺乏進一步增長的動力。還有過去一些私募股權基金掛牌后，在一定市場條件下表現出了很強的盈利能力，但這種狀況在近兩年來就不突出了。公司業績平淡，成為新三板市場發展、股價上行的重大阻力。
其次，去年年底以來，市場格局有了很大的改變，投資者對企業業績的關注程度大幅度升溫，這也造就了一波以業績為核心的藍籌股行情。相對而言，從新三板的特點來看，通常不會包含成熟型的企業，更多是接納創業型的企業。這樣就與今年的投資氛圍不那么協調了。結果就是，大量當初以成長性為賣點，試圖通過在新三板掛牌，獲得資本市場支持尋求更大發展的企業，此間很少能夠獲得相關資金的青睞，不但再融資困難重重，市場交易也是冷冷清清，這樣一來也就使得行情難以有所作為了。這也提示人們，在缺乏穩定專業資金的背景下，證券市場中那些個性化很強的板塊，也許其發展本身會受到嚴重制約。
最后，不得不提的是，新三板雖然在前幾年取得了長足的發展，但主要是表現在一級市場的數量擴張上，二級市場建設并沒有緊緊跟上。大家都知道，新三板交易制度處于探索期，從很多角度來看，還是存在一些比較明顯的缺陷，有關方面也提出了包括建立大宗交易制度、開放私募基金做市等種種安排，在掛牌公司的分層以及向創新層給予政策傾斜方面，也是有所考慮的。但是，所有這些都沒有能夠及時付諸實施。由于市場建設的相對滯后，很多抱著憧憬改革紅利心理入市的投資者，不能不對此深感失望，這不但大大影響了他們的投資積極性，同時也抑制了新資金的入市。一萬多家掛牌公司，每天的成交金額才六七億元，大量公司有行無市，掛牌以后并沒有獲得資本市場的支持。所有這些，都導致了新三板的低迷，乃至在今年的證券市場發展中開始掉隊。