處理決定書顯示，青海省國家稅務局稽查局于2016年3月21日至2016年6月21對青海三江源2012年1月1日至2015年12月31日履行納稅義務情況進行了檢查，發現如下問題：
(一)增值稅
1、從非農業生產者購進農產品，違規開具農產品收購發票抵扣進項稅額，金額2610萬元，稅額339.3萬元，應轉出進項稅額339.3元。
2、2015年將玉樹藏族自治州三江源藥業有限公司發生的廣告費用，取得增值稅專用發票抵扣進項稅金，金額74.05元，應轉出進項稅額4.443萬元。
(二)企業所得稅
1、收到不符合不征收收入條件的企業技術創新等資金未計入，應調增應納稅所得額119.4萬元，應補繳企業所得稅25.1萬元。其中：2012年度收到資金未計收入，應調增應納稅所得額50萬元，應補繳企業所得稅7.5萬元;
2013年度收到資金未計收入，應調增納稅所得額71.9萬元，應補繳企業所得稅17.975萬元;2014年度企業確認上年度未計收入的資金2.5萬元，以前年度已作納稅調增，本年應調減納稅所得額2.5萬元，應調減企業所得稅3750元。
2、列支與生產經營無關支出(企業賬務未記載購入藏獒，稅前列支藏獒支出)，應調增應納稅所得額4.52萬元，補繳企業所得稅7980元。
根據相關稅務法規，稅務機關作如下處理：
1、增值稅：應轉出進項稅額343.7萬元;
2、企業所得稅：應補繳企業所得稅25.898萬元;
3、以上查補稅款合計369.64萬元，并按規定加收滯納金。
冬蟲夏草表示，對于此次處理決定，公司已將稅款及滯納金全部繳清。鑒于本次補繳金額占營業收入比重較小，不會對公司生產經營產生重大影響，以后將以此為戒，杜絕此類行為的發生。
公開資料顯示，冬蟲夏草于2015年2月27日掛牌，主營業務為冬蟲夏草、參茸類產品和土特產品的收購、加工、銷售及研發。