在新三板市場2016年度非標審計意見中，嚴重程度較高的保留意見共計20份，占比13.24%。與此同時，A股市場保留意見同樣為20份，占比達19.04%。與帶強調(diào)事項的無保留意見相同，在導致審計機構(gòu)出具保留意見的具體原因方面，A股和新三板同中有異。
在新三板市場，部分事項審計程序?qū)嵤┦芟蓿瑹o法獲得充分審計證據(jù)是導致掛牌公司被出具保留意見的最主要原因，占比達40%。江蘇蘇亞金誠會計師事務所在對凱詩風尚(836550.OC)2016年財報審計時，對168.50萬元庫存商品存放在外部倉庫(該部分庫存商品占存貨比30.92%，存貨占資產(chǎn)總額比58.24%)，無法實施存貨監(jiān)盤，無法取得存貨函證回函，也無法實施其他替代程序。鑒于此，該事務所對凱詩風尚2016年財報出具保留意見。
另外，鼎楚節(jié)能(834287.OC)2016年財報被北京興華會計師事務所出具保留意見。由于鼎楚節(jié)能尚未建立完善的代理費用相關臺賬，北京興華無法對其計入營業(yè)成本的166.35萬元代理費用無法獲取充分，適當?shù)膶徲嬜C據(jù)。
其次，存在可能導致可持續(xù)經(jīng)營能力存在重大不確定事項(已經(jīng)披露改善措施)是導致掛牌公司被出具保留意見得第二大原因。2016年，吉瑞節(jié)能(837412.OC)扣非后發(fā)生虧損104.68萬元，2016年末流動負債高于流動資產(chǎn)2105.45萬元。北京興華會計師事務對其2016年財報出具保留意見。
此外，失去對子公司的實際控制權(quán)，部分收入無法確認等特殊事項，也是導致審計機構(gòu)對掛牌公司出具保留意見審計報告的原因。以及無法判斷關聯(lián)交易公允性，關聯(lián)方占用大額資金無法判斷可回收性也是導致掛牌公司被出具保留意見的原因。
與新三板市場稍有不同的是，審計無法確認個別事項真實性是A股公司被出具保留意見審計報告的最主要原因。例如，中匯會計師事務所，因無法對民盛金科(002647)商譽減值測試結(jié)論的適當性作出準確判斷，對其2016年財報出具保留意見。利安達會計師事務所因無法確認ST亞太(000691)前期會計差錯更正的真實性，準確性等，對其2016年財報出具保留意見。
同樣，部分事項審計程序受限，關聯(lián)交易，被證監(jiān)會立案調(diào)查等是導致A股公司被出具保留意見的原因，且以上三種原因各占15%。例如，秋林集團(600891)因?qū)徲嫏C構(gòu)無法取得充分審計證據(jù)以判斷其與關聯(lián)方之間大額資金往來的目的和性質(zhì)，部分業(yè)務無法獲得充分審計證據(jù)等，被出具保留意見。
此外，在2016年年報審計中，2家掛牌公司和10家上市公司被出具無法表示意見。無法獲取充分，適當?shù)膶徲嬜C據(jù)以為發(fā)表審計意見提供基礎是審計機構(gòu)對上市公司和掛牌公司出具無法表示意見的最主要原因。但值得引起注意的是，僅從無法表示意見絕對數(shù)量比較，A股市場就是新三板市場的5倍。