根據兩地主管部門安排，“債券通”先期開放“北向通”，即香港及其他國家與地區的境外投資者（以下簡稱境外投資者）經由香港與內地基礎設施機構之間在交易、托管、結算等方面互聯互通的機制安排，投資于內地銀行間債券市場。“北向通”并無額度限制，未來將適時研究擴展至“南向通”。
至于為何先開通“北向通”，多位受訪人士認為，這與當前我國的跨境資本流動形勢和香港債市復雜性有關。
有業內人士認為，作為深化境內債券市場開放的重要舉措，“債券通”將利于吸引境外資金流入和提高我國債市的國際認可度。德意志銀行高級策略師劉立男預計，人民幣債券有望在2017年下半年被納入主要國際債券指數，未來五年內或有7000億～8000億美元的外資流入在岸人民幣債市。
香港一位外資投行人士對證券時報記者表示，先開通無額度限制的“北向通”，與當前資本項目開放的政策一脈相承。雖然今年人民幣匯率走勢趨穩，但資本外流形勢仍然存在，所以資本項目開放政策也會繼續延續前兩年寬進嚴出的特點，以吸引境外資金流入為主。至于“南向通”開通后是否也會沒有額度限制，要看當時的跨境資本流動形勢。
暫不開通“南向通”的另一個原因，則在于香港債券市場的復雜性。劉立男向證券時報記者表示，香港的債券市場也以場外市場（OTC）為主。就一級市場而言，以香港特區政府為發行主體發行的債券或我國財政部發行的境外人民幣債券是通過CMU系統，其他以企業為發行主體的債券則采用承銷的方式。
通過CMU系統發行并進行清算、結算和托管的特區政府債券主要包括香港政府機構債券，以及外匯基金票據及債券（EFB、EFN）；前者是為了發展香港本地債券市場，同時滿足一定的財政資金需要，后者則是作為政府的一種貨幣操作工具，調節市場流動性。CMU同時進行二級市場企業港幣債券及小部分其它幣種債券的清算、結算和托管。
天風國際證券集團行政總裁孟小寧也表示，香港債市中，以港幣計價的債券占比很小，大部分是國際上流通的債券。由于這些債券并非都托管在CMU一個系統下，很難一次把它們通過一個路徑全部實現“債券通”。此外，考慮到交易額度、交易方式、交易時間，這些都構成了“南向通”開通需要解決的問題。
多數企業發行的非港幣債券目前較少在CMU系統發行或托管，大多通過承銷方式在場外市場發行和交易。盡管很多債券在港交所上市，但交易規模相對較小。