兩種辦理方式：單位預扣+自行申報
21世紀經濟報道記者從稅務部門培訓材料獲悉，納稅人辦理專項附加扣除，可以通過：1.日常由單位發工資時按月預扣；2.次年3月1日至6月30日自行匯算清繳申報辦理。由于大病醫療是據實進行扣除，不能由單位按月預扣稅款辦理；對于“不愿意將相關專項附加扣除信息報送給任職受雇單位”“沒有工資、薪金所得，但有勞務報酬、稿酬、特許權使用費所得的”“有大病醫療支出項目的” 或者“納稅年度內未足額享受專項附加扣除的其他情形”，可選擇在次年3月1日至6月30日自行向稅務機關申報辦理。
1.若由單位預扣，單位可登陸“自然人稅收管理系統扣繳客戶端”，下載專項附加信息采集的電子模板，并對人員信息進行錄入。
21世紀經濟報道記者發現，“自然人稅收管理系統扣繳客戶端”早已上線。比如廣東稅務今年7月份就已經上線，用人單位可在各省稅務局網站上下載。
2.若選擇自行申報，方便的途徑可以通過遠程辦稅端，包括國家稅務總局發布的手機app“個人所得稅”，或者各省稅務局網站。
21世紀經濟報道記者發現，“自然人稅收管理系統扣繳客戶端”早已上線，用人單位可在各省稅務局網站上下載。比如今年7月份，廣東省稅務局官網已經發布了“自然人稅收管理系統扣繳客戶端”的軟件下載及相關指引。為了方便申報，納稅人可通過遠程辦稅端提交信息，若仍希望單位幫忙扣繳的，納稅人可通過選擇將相關信息推送給單位，單位在扣繳端選擇同步操作，即可獲取員工已經報送的扣除信息。
納稅人對填報信息真實性負責
從需要填報的信息來看，包括配偶信息、子女信息、就讀學校、繼續教育證書信息（證書名稱及證書編號、發證機關）、房屋證書信息（房屋證書類型、房屋證書號碼）、住房貸款信息（貸款類型、貸款合同編號、首次還款日期、貸款期限）、住房出租信息（主要工作城市、出租方姓名或組織名稱、出租房身份證號碼或統一社會信用代碼、住房坐落地址、租賃期起、租賃期止）、被贍養人信息、分攤方式等。為了保障專項附加扣除的切實落地，單位依據員工提交的專項附加扣除信息，按月計算預繳稅款，向稅務機關辦理全員全額納稅申報；員工若未及時報送相關信息，可在以后月份補報，單位在剩余月份發放工資時補扣，不影響納稅人享受專項附加扣除。
比如，單位員工2019年3月份向單位首次報送其正在上幼兒園的4歲女兒相關信息。則當3月份該員工可在本單位發工資時扣除子女教育支出3000元（1000元/月×3個月）。如果該員工女兒在2019年3月份剛滿3周歲，則3月份當月可以扣除子女教育支出支出1000元（1000元/月×1個月）。
從培訓材料來看，對于這些填報的信息，單位作為扣繳義務人需要按規定妥善保存備查扣除資料，并對納稅人報送的信息和資料保密。納稅人對真實性、準確性、完整性負責，扣繳義務人發現信息不符的，可以要求修改，拒絕修改，應當報告稅務機關。對于未按照規定報送資料信息、虛報虛扣專項扣除、應扣未扣稅款、不繳或少繳已扣稅款、借用或冒用他人身份等行為，會依法進行處理。
個稅扣除標準顯著提高
在現有基本費用扣除標準（俗稱“免征額”）提至5000元/月的基礎上，隨著專項附加扣除的引入，個稅扣除標準將顯著提高。對于上有老、下有小、還有房貸或房租支出的青壯年人群，引入專項附加扣除后，個稅扣除標準將提至于9000元/月甚至更高。扣除標準的提高，意味著個稅負擔隨之減輕。附上不同專項附加扣除下的，個稅應納稅稅額表：
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