如果建設項目超建面積在合理誤差范圍內，則分兩種情況處理：
地上總建筑面積未超出土地出讓合同規定的地上總建筑面積的，建設單位應按規定補繳城市基礎設施配套費等費用；
超出規定的，建設單位應按規定補繳城市基礎設施配套費等費用和土地出讓金。 針對開發商蓄意偷面積的行為，辦法明確一旦建設項目超建面積超出合理誤差范圍，分兩種情況處理：
地上總建筑面積未超出土地出讓合同規定的地上總建筑面積的，建設單位應按規定補繳城市基礎設施配套費等費用；
超出規定的地上總建筑面積的，按違法建設處理，依法進行拆除，不能拆除的，對超建面積(含合理誤差部分)建筑部分予以沒收，并處罰款。
住宅公寓層高超3.6米的另算面積 哪些部分要計入建筑面積？
辦法明確，建設項目未按規劃核準圖施工，造成超層高、超尺寸的，應按照以下標準折算超建建筑面積：
(一)住宅建筑、公寓(包括酒店式公寓)的層高超過3.6米，辦公建筑和研發建筑層高超過4.2米，普通商業(門面房)建筑層高超過4.8米的，計算地上建筑面積時，每超出2.2米，則該層建筑面積按該層實際建筑面積增加1倍計算，不足2.2米的，該層建筑面積按該層實際建筑面積增加0.5倍計算。
(二)在建筑主體結構范圍內的圍合空間，層高在2.2米以下的空間，應按照建筑主體結構圍合面積的一半計算建筑面積。
(三)飄窗、陽臺、檐廊、挑廊、空調室外機擱板、幕墻及其他建筑外部構件不符合《南京市建設工程設計方案審查相關辦法》的，按其外圍水平投影面積計算全面積。
(四)大型商業、文化、娛樂等大空間公共建筑及工業建筑因造型和工藝設計需要，超層高超尺寸的，建筑面積應以規劃行政主管部門審定的方案為準。
根據此前實施數年的《南京市建設項目容積率管理暫行規定》，市場上的挑高公寓產品層高一般都控制在4.8米。該暫行規定是這樣計算建筑面積：住宅建筑層高大于3.0米、公寓(包括酒店式公寓)和辦公建筑層高大于4.8米、商業建筑層高大于6.0米的，計算容積率指標時，該層建筑面積均按該層實際建筑面積的1.5倍計算。